علی مطهری طی گفتگوی مفصلی با روزنامه "تهران امروز" به مسائل مختلفی پیرامون اوضاع كشور و دولت احمدی نژاد اشاره كرده است. وی در این گفتگو درخصوص اختلافات میان جریانات سیاسی معتقد است كه علاوه بر اختلاف میان اصلاح طلبان و اصولگرایان خود اصولگرایان نیز با یكدیگر دچار اختلاف اند. او می گوید: «من به این شكل قبول ندارم كه تنها بین جریان اصولگرایی و اصلاحطلبی شكاف زیاد شده بود، بلكه میخواهم بگویم كه علاوه بر این بین جریان اصولگرای منتقد دولت و اصولگرایان حامی دولت هم این شكاف روبه گسترش بود. اگرچه اكثر اصولگراها در نهایت به آقای احمدینژاد رای دادند، ولی این یك نوع رای دادن اضطراری بود و بسیاری از آنها با چشم گریان به ایشان رای دادند و در دل خودشان راضی نبودند. در واقع شخصیت خاص آقای احمدینژاد كه در مناظرهها بیشتر بروز كرد بهگونهای بود كه اختلافات را تشدید میكرد. البته الان باید رو بهاتحاد حركت كنیم.»
فرارو نوشت: او همچنین در قسمتی دیگری از سخنان خود پیرامون طرح وحدت و ملی ادعا می كند كه سید محمد خاتمی پیش از انتخابات پذیرفته بود كه اگر ولایتی بیاید كنار برود. صحبت های او در اینباره را بخوانید: « من ملاقاتی با آقای خاتمی داشتم ایشان قبول كردند كه اگر آقای ولایتی بهطور جدی وارد میدان بشوند و احساس شود كه ایشان رای قابل توجهی دارند، از انتخابات كنار بروند و كاندیدا نشوند یا در ملاقاتی كه با آقای هاشمی داشتم ایشان هم اعلام حمایت از این طرح كردند و گفتند كه اگر احساس كنیم عده قابلتوجهی از اصولگرایان بهطور جدی دنبال این طرح هستند، من هم تلاش میكنم آقای خاتمی كاندیدا نشود. بنابراین آن طرف قبول داشت. حالا آقای هاشمی را نمیتوانیم بگوییم اصلاحطلب یا اصولگرا ولی در هرحال بهعنوان فردی كه تمایلی بهاصلاحطلبان داشتند، این طرح را پذیرفته بودند.»
این اصولگرای منتقد دولت احمدی نژاد را كاندیدایی مستقل می داند و نه كاندیدای جریان اصولگرایی. مطهری احمدی نژاد و اطرافیانش را فرقه ای می داند با عقاید خاص خود:«ببینید من قبل از انتخابات هم این مطلب را گفتم كه آقای احمدینژاد یك كاندیدای مستقل است و نماینده جریان اصولگرایی نیست. همانطور كه در سال 84 هم ایشان در واقع نماینده جریان اصولگرایی نبودند. در آن دوره نیز وی برخلاف نظر اكثریت اصولگراها و بهویژه سران جریان اصولگرایی وارد صحنه شد. با تمهیداتی هم كه از قبل چیده بود و ارتباطی كه با مساجد و توده مردم برقرار كرده بود بالاخره رای آورد اما من تقریبا از حدود یك سال بعد احساس كردم ایشان افكار خاصی دارد و مخصوصا در مسائل فرهنگی دید خاصی دارد. به این نتیجه رسیدم كه تصور ما درباره ایشان تصور درستی نبوده است و از همان موقع معتقد شدم كه او یك اصولگرا نیست. میتوانیم بگوییم یك فرقهای هستند با افكار ویژهای كه برخی افكارشان را هم خیلی بروز نمیدهند. گاهی مثلا در صحبت آقای مشایی یك چیزهایی بروز پیدا میكند. یك دید خاصی نسبت به اسلام دارند، نوعی احساس خودكفایی در شناخت اسلام دارند، نوعی بینیازی از روحانیت احساس میكنند و خلاصه افكار خاص سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی دارند و در مجموع من اینها را اصولگرا نمیدانم.»
نماینده مردم تهران در مجلس هشتم در قسمت دیگری از سخنان خود به برخی ابهامات و تناقضات رفتاری احمدی نژاد اشاره كرده و می گوید: «كسی كه التزام كافی به ولایت فقیه نداشته باشد، مثل جریانی كه در انتصاب آقای مشایی بهعنوان معاون اول پیش آمد و ماجرای دستور رهبری و... یا اینكه عقایدی در باب مسائل فرهنگی داشته باشد كه با برخی اصول اسلامی سازگار نباشد، چنان كه آقای رئیسجمهور در تبلیغات انتخاباتی خودش اعلام كرد كه من از ابتدا با ممیزی كتاب مخالف بودم یا اعلام كرد كه من اصلا با نظارت بر مساله پوشش اسلامی در جامعه از همان ابتدا مخالف بودم یا اینكه معتقد باشد مساله اختلاط بین زن و مرد اهمیت زیادی ندارد و بانوان میتوانند بروند در ورزشگاه آقایان و... در حالی كه اینها احكام مسلم اسلامی است، یا اینكه فرض كنید در موضوع عدالتورزی احساس كنیم كه عدالتورزی بیشتر بهعنوان ابزار بهكار میرود؛ ابزاری برای حفظ قدرت،مثل آن چیزی كه در انتخابات ریاستجمهوری رخ داد كه در واقع در مناظرهها بهگونهای عمل شد كه معلوم شد هدف، ایجاد فضای خاص در جامعه است برای افزایش آرا نه اینكه واقعا دنبال اجرای عدالت باشند، برای اینكه اولا چرا در همان چهار سال گذشته این كار انجام نشد و این حرفها زده نشد و درست در شب انتخابات انجام میشود؟ ثانیا چرا درباره اتهامات اقتصادی شخصیتهایی كه حامی شما هستند صحبتی نمیكنید؟ شخصیتهای حامی شما و خانوادههای آنها. ثالثا چرا زمانی كه آقای پالیزدار همین حرفها را در سطح وسیعتری گفت از او حمایت نكردید و او بهزندان افتاد؟ اینها نشان میدهد كه عدالتخواهی بیشتر بهعنوان یك ابزار برای خارج كردن رقیب از صحنه دیده میشود.»
مطهری همچنین در باره نحوه برخورد احمدی نژاد به خصوص در مواجه با روحانیت می گوید: «بیشتر اختلاف روحانیت با دولت برمیگردد بهنحوه برخورد دولت با روحانیت و مراجع. برخورد غرورآمیز و تكبرآمیزی هست كه ممكن است حرف، درست باشد اما نحوه برخورد ایجاد اختلاف میكند. درست مثل همان برخوردهایی كه ایشان در مناظرات تلویزیونیشان داشتند. برخی برخوردهای ایشان توأم با تحقیر بود، توام با تكبر بود. همان حرف را ممكن بود كسی با یك بیان خوبی بزند و طرف مقابل هم ناراحت نشود و مردم هم ناراحت نشوند ولی آن نحوه بیان و نحوه برخورد گاهی موجب دلگیری و نفرت میشود.اینجا هم همینطور است. بهنظر من، ایشان باید نحوه عمل و نحوه ارتباطشان را با روحانیت تغییر بدهند.»
او در بخشی دیگری از اظهارات خود رای اعتماد نمایندگان به وزرای دولت دهم را اینگونه تفسیر می كند:« نمایندهها تابع منطق و استدلال هستند. گرایشها و تعصبات گروهی و سیاسی در مجلس كم است. واقعا یك نماینده فكر میكند و رای میدهد. آنها هم بیشتر دلایل مخالفت ما را پذیرفتند. قبل از اینكه آن پیغام رهبری برسد، خیلیها این منطق را قبول داشتند كه 7 ،8 نفر از اینها رد میشوند. اصلا خیلیها خودشان بهاینجا رسیده بودند. نیازی نبود كه بنده یا آقای توكلی یا آقای باهنر صحبت كنیم.خیلیها بهاین مساله رسیده بودند كه مثلا كسی كه حتی یك روز در وزارت نفت یا نیرو تجربه ندارد خب چرا باید یكدفعه وزیر بشود؟ منتهی بعد كه پیام رهبری رسید، مساله عوض شد. یعنی هر نمایندهای بهرغم درستی این استدلالها پیش خودش فكر كرد كه الان یك مصلحت بزرگتری مطرح شده كه ممكن است برای ما قابل درك نباشد.»